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【深藍(lán)云直播課堂】Naica數(shù)字PCR技術(shù)用于基因編輯和多重突變檢測

艾普拜生物科技(蘇州)有限公司 2020-08-17 12:22:13 394  瀏覽
  • 基因編輯技術(shù)指能夠讓人類對目標(biāo)基因進(jìn)行“編輯”,實(shí)現(xiàn)對特定DNA片段的敲除、加入等。而CRISPR/Cas9技術(shù)自問世以來,就有著其它基因編輯技術(shù)無可比擬的優(yōu)勢,技術(shù)不斷改進(jìn)后,更被認(rèn)為能夠在活細(xì)胞中最有效、最便捷地“編輯”任何基因。



    但是在CRISPR基因編輯之后,工作并沒有結(jié)束,你需要驗(yàn)證感興趣的基因是否成功突變。想知道如何利用高靈敏度、高jingzhun度的數(shù)字PCR技術(shù)來檢測基因編輯嗎?快來參加本次深藍(lán)云直播課堂吧!



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【深藍(lán)云直播課堂】Naica數(shù)字PCR技術(shù)用于基因編輯和多重突變檢測

基因編輯技術(shù)指能夠讓人類對目標(biāo)基因進(jìn)行“編輯”,實(shí)現(xiàn)對特定DNA片段的敲除、加入等。而CRISPR/Cas9技術(shù)自問世以來,就有著其它基因編輯技術(shù)無可比擬的優(yōu)勢,技術(shù)不斷改進(jìn)后,更被認(rèn)為能夠在活細(xì)胞中最有效、最便捷地“編輯”任何基因。



但是在CRISPR基因編輯之后,工作并沒有結(jié)束,你需要驗(yàn)證感興趣的基因是否成功突變。想知道如何利用高靈敏度、高jingzhun度的數(shù)字PCR技術(shù)來檢測基因編輯嗎?快來參加本次深藍(lán)云直播課堂吧!



2020-08-17 12:22:13 394 0
深藍(lán)云直播課堂 | 單重PCR到多重PCR實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)

PCR技術(shù)以特異性的寡核苷酸引物放大擴(kuò)增特定的DNA片段,一對引物在單次反應(yīng)擴(kuò)增單個(gè)基因。通常每個(gè)靶標(biāo)分別進(jìn)行檢測,即單重PCR反應(yīng),但當(dāng)我們需要檢測多個(gè)靶標(biāo)基因時(shí),單重PCR費(fèi)時(shí)費(fèi)力同時(shí)無法排除不同樣品孔間的加樣差異,如內(nèi)參基因的歸一化檢測,需要在同一反應(yīng)管中檢測內(nèi)參基因和目標(biāo)基因,多重PCR實(shí)驗(yàn)無疑是最簡單直接的解決方案。

多重PCR也稱復(fù)合PCR,是在常規(guī)PCR基礎(chǔ)上改進(jìn)并發(fā)展起來的一種PCR擴(kuò)增技術(shù),即可在一個(gè)反應(yīng)體系中加入兩對以上引物,同時(shí)擴(kuò)增出多個(gè)核酸片段。在熒光定量PCR(qPCR)和數(shù)字PCR(digital PCR)技術(shù)中,多重PCR設(shè)計(jì)配合多熒光通道可以進(jìn)行更多靶標(biāo)的相對于標(biāo)準(zhǔn)品的檢測和直接的JD定量檢測,既具有單重PCR的敏感性和特異性,同時(shí)又比單重PCR更加GX、快捷和經(jīng)濟(jì)。

多重PCR實(shí)驗(yàn)具體如何進(jìn)行?又有哪些注意事項(xiàng)?實(shí)時(shí)熒光定量PCR和數(shù)字PCR如何和多重PCR結(jié)合?北京深藍(lán)云生物科技有限公司云課堂將為您答疑解惑。

想要了解更多關(guān)于單重PCR和多重PCR實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的相關(guān)信息,快來參加5月13號(hào)的直播課堂吧!


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2021-05-08 09:36:15 343 0
深藍(lán)云直播課堂: MIQE指南下數(shù)字PCR技術(shù)文章發(fā)表

目前,越來越多的領(lǐng)域都會(huì)用到數(shù)字PCR(dPCR)技術(shù),但關(guān)于實(shí)驗(yàn)細(xì)節(jié)和結(jié)果評(píng)估缺少一個(gè)共識(shí)。在很多發(fā)表的文章中都缺乏足夠的dPCR實(shí)驗(yàn)細(xì)節(jié),這樣不利于評(píng)審文章,甚至難以根據(jù)文章重復(fù)實(shí)驗(yàn)。

為了讓大家更好地遵循MIQE進(jìn)行實(shí)驗(yàn),科學(xué)家依托于法國Stilla Technologies的Naica數(shù)字PCR平臺(tái)發(fā)布了一篇文章Reproducible and Sensitive Assays using 3-and 6-colour Crystal Digital PCR? for Detecting Point Mutations in Human Breast Cancer,通過6色熒光數(shù)字PCR技術(shù)檢測了乳腺癌相關(guān)靶點(diǎn),并借此闡述了整個(gè)數(shù)字PCR操作流程以及如何運(yùn)用MIQE。


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2020-07-17 16:51:12 464 0
深藍(lán)云直播課堂視頻新聞回放上線啦

你想從Western Blot小白進(jìn)階到實(shí)驗(yàn)高手嗎?想了解Z先進(jìn)的數(shù)字PCR定量技術(shù)嗎?想了解新冠病毒數(shù)字PCR檢測方案嗎?想知道不一樣的正倒置一體熒光顯微鏡嗎?想了解實(shí)時(shí)熒光定量PCR原理與分析方法嗎?你想知道的問題都在深藍(lán)云直播課堂。

有些朋友說因時(shí)間關(guān)系,沒能趕上直播講座,沒關(guān)系, 小編為您雙手奉上精彩的直播視頻分享~



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2020-04-29 16:56:59 369 0
深藍(lán)云直播課堂-如何獲得高質(zhì)量的引物和探針?

對于做分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)的科研人員來說,引物探針是一個(gè)無比熟悉的詞語。不管是普通的PCR、實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qPCR)還是靈敏度及jing準(zhǔn)度更高的數(shù)字PCR(dPCR),高質(zhì)量的引物和探針都是實(shí)驗(yàn)成功的關(guān)鍵。

然而想要獲得的引物探針,得到一個(gè)好的實(shí)驗(yàn)結(jié)果也并非那么容易。好的實(shí)驗(yàn)結(jié)果千篇一律,不好的實(shí)驗(yàn)結(jié)果各不相同,可能一不小心就有了非特異性產(chǎn)物或者擴(kuò)增不出產(chǎn)物等等。從實(shí)驗(yàn)小白到大神,不斷地學(xué)習(xí)和摸索是少不了的。針對不同的PCR在引物和探針設(shè)計(jì)上又有哪些不同呢?如何評(píng)估設(shè)計(jì)的引物和探針的質(zhì)量呢?為了讓您少走彎路,深藍(lán)云直播間與您在線交流如何獲得更優(yōu)的qPCR、dPCR引物及探針,為您的實(shí)驗(yàn)助一份力!



2020-04-20 09:18:15 354 0
【網(wǎng)絡(luò)在線課堂】數(shù)字PCR與CRISPR基因編輯強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合!

1119日北京時(shí)間23:00巴黎時(shí)間:17:00),歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室研究員Moritz Kueblbeck將于Genomeweb平臺(tái)在線分享“CRISPR編輯的細(xì)胞系中使用數(shù)字PCR進(jìn)行標(biāo)記拷貝數(shù)評(píng)估”相關(guān)知識(shí)


本網(wǎng)絡(luò)研討會(huì)將介紹如何使用dPCR快速定量CRISPR編輯的HeLa細(xì)胞中的綠色熒光蛋白拷貝數(shù)。討論還將介紹dPCR的工作原理和采集后的數(shù)據(jù)分析方法。


Moritz Kueblbeck在德國海德堡的癌癥研究ZX(DKFZ)做了八年的研究員。2014,他加入了Jan Ellenberg在海德堡的歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室,在不同實(shí)驗(yàn)室的項(xiàng)目中,他使用CRISPR/Cas9方法利用內(nèi)源性的標(biāo)記蛋白(HeLaU-2 OS細(xì)胞進(jìn)行不同標(biāo)簽的純合敲入)進(jìn)行人類細(xì)胞系基因組編輯。

內(nèi)容簡介

 

l  熒光蛋白或自標(biāo)記是使用熒光顯微鏡研究活細(xì)胞中蛋白質(zhì)動(dòng)力學(xué)的寶貴工具。然而,定量成像需要目標(biāo)蛋白(POI)的生理表達(dá)水平,特別是當(dāng)需要研究POI的化學(xué)計(jì)量相互作用時(shí)。

l  CRISPR使研究人員能夠標(biāo)記幾乎任何感興趣的目標(biāo)基因,使其可以研究相應(yīng)POI的生理表達(dá)水平。然而,正確編輯細(xì)胞克隆的產(chǎn)生和選擇——即標(biāo)記等位基因的預(yù)期數(shù)量和缺乏額外的整合——需要對標(biāo)記的拷貝數(shù)進(jìn)行定量評(píng)估。

l  探討dPCR是一種快速、可靠的熒光標(biāo)記CRISPR編輯細(xì)胞定量檢測方法。

注冊地址:https://event.on24.com/eventRegistration/EventLobbyServlet?target=reg20.jsp&partnerref=stilla&eventid=2111188&sessionid=1&key=2206BD6DA2548F0F9C46911E3A71DD

2019-11-13 15:35:16 364 0
深藍(lán)云qPCR知識(shí)小課堂---TaqMan探針法

在之前發(fā)表的文章《實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測方法,你選對了嗎?》中提到,實(shí)時(shí)熒光定量PCR常用的方法包括了SYBR Green染料法、TaqMan探針法、分子信標(biāo)、熒光共振能量傳遞(FRET)和LUX Primers等。那么應(yīng)用最為廣泛的則是SYBR Green染料法和TaqMan探針法,兩者各有所長。今天,先給大家介紹TaqMan探針法,它優(yōu)秀在哪里?

TaqMan 探針法

最關(guān)鍵的Taqman探針,是一條與靶序列特異性結(jié)合的寡核苷酸序列,其能夠結(jié)合到正反向引物結(jié)合區(qū)域的中間部位,隨著PCR反應(yīng)的進(jìn)行,DNA聚合酶在延伸到探針位置時(shí)會(huì)將其水解,從而釋放熒光基團(tuán),擴(kuò)增產(chǎn)物產(chǎn)生信號(hào)。

TaqMan探針法的優(yōu)勢

?  高特異性,只有在探針和靶標(biāo)基因之間發(fā)生特異性的水解,才會(huì)生成熒光信號(hào)。

?  多重分析,可選擇不同的報(bào)告基因染料標(biāo)記探針,在一個(gè)反應(yīng)管內(nèi)擴(kuò)增并檢測多個(gè)不同的序列。

?  無需PCR后處理,減少分析工作量并節(jié)省材料成本。

探針序列的設(shè)計(jì)原則

1. TaqMan探針的長度zuihao不超過30bp。理想情況下,有15bp可獲得ZJ特異性;

2. Tm值在67℃-72℃之間,確保探針的Tm值比引物的高5-10℃,在退火過程中優(yōu)先結(jié)合到模板上;

3. 探針序列的GC含量在20%至80%之間,避免多個(gè)重復(fù)的堿基出現(xiàn),尤其要避免4個(gè)或超過4個(gè)的G堿基;

4. 探針盡量避免出現(xiàn)二聚體或者發(fā)夾結(jié)構(gòu),以保證足夠高的模板結(jié)合效率;

5. 探針5’端不能為G,因?yàn)榧词箚蝹€(gè)G堿基與FAM熒光報(bào)告基團(tuán)相連時(shí),G也可以淬滅FAM基團(tuán)所發(fā)出的熒光信號(hào),從而導(dǎo)致假陰性的出現(xiàn)。

引物探針設(shè)計(jì)不再犯愁

深藍(lán)云生物為您提供Gene-π網(wǎng)站在線設(shè)計(jì)引物探針,可為您快速設(shè)計(jì)引物探針并進(jìn)行評(píng)估,復(fù)制鏈接可進(jìn)行查詢:https://www.gene-pi.com/item/primers-and-probes-2/

如何選擇熒光基團(tuán)和淬滅基團(tuán)

修飾基團(tuán)的選擇是探針法的重要環(huán)節(jié),那么我們需要注意以下幾項(xiàng):

1. 根據(jù)熒光定量PCR儀熒光通道,選擇適配的熒光基團(tuán),優(yōu)先選擇常用的熒光基團(tuán),如FAM、VIC或CY5等;

2. 根據(jù)熒光基團(tuán)類型選擇淬滅基團(tuán)。早期的淬滅基團(tuán)TAMRA,自身會(huì)發(fā)出熒光信號(hào),干擾檢測結(jié)果,后續(xù)慢慢地被其他淬滅基團(tuán)替代。目前淬滅基團(tuán)最常用的就是BHQ、NFQ-MGB或QSY等;

3. 進(jìn)行多重qPCR檢測時(shí),每個(gè)通道要選擇不同的熒光基團(tuán),且避免各標(biāo)記基團(tuán)的激發(fā)和發(fā)射波長重疊,出現(xiàn)熒光干擾的情況。

Azure Cielo?實(shí)時(shí)熒光定量PCR

來自美國Azure Biosystems公司的Azure Cielo?實(shí)時(shí)熒光定量PCR系統(tǒng),為您提供Azure Cielo-3通道和Azure Cielo-6通道,可根據(jù)實(shí)驗(yàn)需求靈活配置。


除此之外,Azure Cielo?實(shí)時(shí)熒光定量PCR系統(tǒng)融合了高品質(zhì)Peltier溫度模塊和基于光纖傳輸?shù)墓鈱W(xué)檢測系統(tǒng),可為您的科學(xué)研究就提供高jingzhun、高靈敏可靠結(jié)果。



?   數(shù)據(jù)可靠性

連續(xù)1000次實(shí)驗(yàn)后,結(jié)果高度一致,溫控jingzhun,性能穩(wěn)定可靠。

?  應(yīng)用靈活性

提供多種qPCR應(yīng)用分析,定制化報(bào)告。

?   流程智能化

中英文用戶界面,觸控操作,可多機(jī)聯(lián)用。

?   交互靈活性

主機(jī)可獨(dú)立運(yùn)行qPCR程序,電腦、Wi-Fi、網(wǎng)絡(luò)交互。


2020-07-24 16:53:08 534 0
【深藍(lán)云直播課】Echo顯微鏡使用技巧—Rebel

顯微鏡是由一個(gè)透鏡或幾個(gè)透鏡的組合構(gòu)成的一種光學(xué)儀器,是人類進(jìn)入原子時(shí)代的標(biāo)志。顯微鏡是人類最偉大的發(fā)明物之一,那么該如何使用顯微鏡呢?長期使用顯微鏡的小伙伴們,長期觀察目鏡筒是否會(huì)感到眼睛酸澀?想要分享視野中的發(fā)現(xiàn)時(shí)是否會(huì)困擾如何去跟別人描述新發(fā)現(xiàn)的位置?想要記錄視野圖像時(shí)是否需要反復(fù)的找合適角度拍照?


想要知道上面問題的解決辦法嗎?那就趕緊快來參加8月25日的深藍(lán)云直播課堂吧!您想知道的答案都在本次課程里,come on!


直播課



2020-08-24 15:00:55 408 0
深藍(lán)云干貨課堂——如何抓住qPCR數(shù)據(jù)分析的關(guān)鍵

同學(xué)們又是做qPCR實(shí)驗(yàn)的一天,有沒有懷著忐忑又期待的心情去點(diǎn)開“analysis”的呢?點(diǎn)開之后,發(fā)現(xiàn)擴(kuò)增曲線不正常,或者Cq值過大,又或者SD值太高,那這樣的實(shí)驗(yàn)結(jié)果還靠譜嗎?現(xiàn)在讓小編來告訴你,qPCR實(shí)驗(yàn)的成功與否,關(guān)鍵在于各組數(shù)據(jù)是否達(dá)到判定標(biāo)準(zhǔn)以及是否符合實(shí)驗(yàn)預(yù)期,小小的qPCR實(shí)驗(yàn)它可以變得很簡單,也可以變得很復(fù)雜,如何抓住qPCR數(shù)據(jù)分析的關(guān)鍵,是分析qPCR結(jié)果可信度的diyi步。

qPCR數(shù)據(jù)分析的關(guān)鍵

qPCR數(shù)據(jù)分析主要是利用Cq值進(jìn)行計(jì)算,所以我們需要了解qPCR反應(yīng)中幾個(gè)重要的參數(shù),根據(jù)參數(shù)的表現(xiàn)來進(jìn)行實(shí)驗(yàn)評(píng)估:


擴(kuò)增曲線:圖1反映的是熒光信號(hào)變化量的對數(shù)與qPCR反應(yīng)循環(huán)數(shù)的關(guān)系。圖2反映的是隨著qPCR反應(yīng)的進(jìn)行相應(yīng)的熒光信號(hào)的變化,比較直觀,但是指數(shù)期很短。標(biāo)準(zhǔn)的擴(kuò)增曲線是呈現(xiàn)出“S”型,具有特征性的形狀:首先背景信號(hào),然后是三個(gè)增長階段(指數(shù)增長期、線性增長期和平臺(tái)期)。


圖1:擴(kuò)增曲線對數(shù)圖譜。圖源:Azure Cielo qPCR系統(tǒng)。

圖2:擴(kuò)增曲線線性圖譜。圖源:Azure Cielo qPCR系統(tǒng)。

基線:通常3-15個(gè)循環(huán)時(shí),熒光信號(hào)變化不大,變化趨勢接近于一條直線,即擴(kuò)增曲線的水平部分,這樣的直線就是基線。同一次反應(yīng)中針對不同的基因需單獨(dú)設(shè)置基線。

閾值:是一個(gè)熒光強(qiáng)度值,穿過閾值與X軸平行的直線稱為閾值線,自動(dòng)設(shè)置是3-15個(gè)循環(huán)的熒光信號(hào)的標(biāo)準(zhǔn)偏差的10倍。手動(dòng)設(shè)置是置于指數(shù)擴(kuò)增期,剛好可以清楚地看到熒光信號(hào)明顯增強(qiáng)。同一次反應(yīng)中針對不同的基因可單獨(dú)設(shè)置閾值,但對于同一個(gè)基因擴(kuò)增一定要用同一個(gè)閾值。

Cq值:qPCR擴(kuò)增過程中,擴(kuò)增產(chǎn)物的熒光信號(hào)達(dá)到設(shè)定的閾值時(shí)所經(jīng)過的擴(kuò)增循環(huán)次數(shù),與起始濃度的對數(shù)成線性關(guān)系。分析定量時(shí)一般取Cq:15-35,太大或者太小都會(huì)導(dǎo)致定量的不準(zhǔn)確。

圖3:擴(kuò)增曲線。圖源:Azure Cielo qPCR系統(tǒng)。

評(píng)估qPCR反應(yīng)的效果

1、擴(kuò)增效率及相關(guān)系數(shù)

為了正確地評(píng)估PCR擴(kuò)增效率,至少需要做3次平行重復(fù),并至少做5個(gè)數(shù)量級(jí)倍數(shù)(5logs)連續(xù)梯度稀釋模板濃度。擴(kuò)增效率E在90-110%之間時(shí),認(rèn)為擴(kuò)增接近理想情況。

R2值:評(píng)估PCR效率的另一個(gè)關(guān)鍵參數(shù),它是說明兩個(gè)數(shù)值之間相關(guān)程度的統(tǒng)計(jì)學(xué)術(shù)語。如果R2等于1,則可以用Y值(Cq)來準(zhǔn)確預(yù)測X值(初始模板量)。反之,如果R2等于0,就不能通過Y值來預(yù)測X值。一般認(rèn)為,標(biāo)準(zhǔn)曲線的R2值大于0.98時(shí),兩個(gè)數(shù)值之間相關(guān)的可信度很好。

圖4:標(biāo)準(zhǔn)曲線。圖源:Azure Cielo qPCR系統(tǒng)。

2、重復(fù)性

重復(fù)性即是指精確度,反映多次測量值之間的接近程度。標(biāo)準(zhǔn)偏差(standarddeviation,偏差的平方根)是最常用的精確度計(jì)量方法。如果許多數(shù)據(jù)點(diǎn)都靠近平均值,那么標(biāo)準(zhǔn)偏差就小;如果許多數(shù)據(jù)點(diǎn)都遠(yuǎn)離平均值,則標(biāo)準(zhǔn)偏差就大。例如,假設(shè)PCR反應(yīng)效率是100%,那么2倍稀釋點(diǎn)之間的平均Cq間隔應(yīng)該恰為1個(gè)Cq值。要以99.7%的幾率分辨2倍稀釋濃度,標(biāo)準(zhǔn)偏差就必須小于等于0.167。為了能夠在95%以上的情況下分辨出2倍稀釋,標(biāo)準(zhǔn)偏差必須小于等于0.250。總的來說,重復(fù)孔之間的標(biāo)準(zhǔn)偏差不大于0.2,說明實(shí)驗(yàn)的重復(fù)性較好。

圖5:8個(gè)重復(fù)孔的擴(kuò)增曲線。圖源:Azure Cielo qPCR系統(tǒng)。

3、重現(xiàn)性

指不同批次之間或不同實(shí)驗(yàn)室之間qPCR結(jié)果的變化,通常表示為拷貝數(shù)或Cq值的SD或CV。

圖6:4臺(tái)獨(dú)立的Azure Cielo 儀器上檢測GAPDH,Cq =20.11,SD= 0.002。

4、靈敏度

分析靈敏度是指一個(gè)樣本中可通過實(shí)驗(yàn)精確測量的最小拷貝數(shù),而臨床靈敏度是指在特定疾病患者們中,被檢測確定為陽性的百分比。靈敏度為limit of detection(LOD),即在給定的分析程序中,可以確定且合理(通常使用95%的概率)檢測得到的濃度,可通過梯度稀釋樣品來確定ZD檢測限。LOD理論上最小是3 copy/aliquot,這是由遵從泊松分布的取樣誤差導(dǎo)致的。假設(shè)符合泊松分布,那PCR有95%的可能性至少包含和檢測到1個(gè)拷貝。

圖7:5個(gè)數(shù)量級(jí)的動(dòng)態(tài)范圍檢測。圖源:Azure Cielo qPCR系統(tǒng)。

5、準(zhǔn)確度

反映測量值和真實(shí)值的接近程度,以倍數(shù)變化或拷貝數(shù)進(jìn)行估算。

6、特異性

指qPCR實(shí)驗(yàn)中只可以檢測到目的基因,引物特異性擴(kuò)增靶序列,而不會(huì)擴(kuò)增其他基因序列。可通過凝膠電泳檢測擴(kuò)增產(chǎn)物是否為單一條帶,或通過qPCR反應(yīng),根據(jù)溶解曲線是否具有單峰來判斷。

圖8:溶解曲線。圖源:Azure Cielo qPCR系統(tǒng)。

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Azure  Cielo?性能展示

?   高重現(xiàn)性和穩(wěn)定性

連續(xù)1000次實(shí)驗(yàn)后,結(jié)果高度一致
GAPDH定量,Cq值=22.4±0.01

?  高重復(fù)性

重復(fù)孔的擴(kuò)增曲線高度重合

96孔重復(fù)結(jié)果(GAPDH),Cq平均值=19.1,

變異系數(shù)(Cv)=0.002。

?   高分辨率

準(zhǔn)確區(qū)分2倍濃度差異樣品

人內(nèi)參cDNA(GAPDH)進(jìn)行10個(gè)梯度,

2倍稀釋,3個(gè)重復(fù),線性擬合度

R2=0.998,擴(kuò)增效率E=99.89%


2020-08-11 19:12:33 848 0
深藍(lán)云qPCR知識(shí)小課堂---SYBR Green染料法

TaqMan探針法因其良好的特異性以及可多重檢測而受到實(shí)驗(yàn)人員的青睞,其實(shí)除了探針法外,還有很多好的實(shí)驗(yàn)方法也被實(shí)驗(yàn)人員廣泛認(rèn)可,這次就介紹一下另一個(gè)應(yīng)用廣泛的方法:SYBR Green染料法,它又是因?yàn)槟男﹥?yōu)點(diǎn)獲得實(shí)驗(yàn)人員的青睞呢?

染料法原理

染料法一般使用的是SYBR Green I染料,這是一種可以與雙鏈DNA小溝結(jié)合的熒光染料,其不會(huì)與單鏈DNA結(jié)合,且在游離狀態(tài)下幾乎無熒光,只有與雙鏈DNA結(jié)合才會(huì)發(fā)出熒光,因此將PCR擴(kuò)增產(chǎn)生的雙鏈DNA數(shù)量與熒光強(qiáng)度直接關(guān)聯(lián),產(chǎn)生實(shí)時(shí)監(jiān)測的效果。

SYBR Green染料法優(yōu)點(diǎn)

?  通用性好,適合進(jìn)行大多數(shù)類型的定量反應(yīng),可以進(jìn)行熔解曲線的分析。

?  無需設(shè)計(jì)探針,引物設(shè)計(jì)相對簡單,不用考慮基團(tuán)選擇,易于上手;成本低,無需合成探針。

?  無需PCR后處理,減少分析工作量并節(jié)省材料成本。

SYBR Green染料法缺點(diǎn)

SYBR Green染料法也有其缺點(diǎn),SYBR Green染料法一個(gè)反應(yīng)只能檢測一個(gè)基因,無法進(jìn)行二重甚至多重的實(shí)驗(yàn)。同樣的相對于TaqMan探針法其特異性較差,當(dāng)引物存在二聚體或者非特異性擴(kuò)增時(shí),染料同樣可以結(jié)合并發(fā)出熒光,影響定量結(jié)果。因此對于SYBR Green染料法而言,設(shè)計(jì)一套好用的引物是重中之重。

深藍(lán)云生物為您提供Gene-π網(wǎng)站在線設(shè)計(jì)引物,可為您快速設(shè)計(jì)引物并進(jìn)行評(píng)估,復(fù)制鏈接可進(jìn)行查詢:https://www.gene-pi.com/item/primers-and-probes-2/


設(shè)計(jì)好引物后,我們該怎么進(jìn)行實(shí)驗(yàn)?zāi)兀?/b>

1.實(shí)驗(yàn)條件的優(yōu)化

我們需要對設(shè)計(jì)的引物擴(kuò)增效果進(jìn)行分析,使用陽性模板進(jìn)行擴(kuò)增,確定擴(kuò)增產(chǎn)物為單一條帶,且大小符合設(shè)計(jì)預(yù)期,如有條件可以對擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測序,保證準(zhǔn)確性。當(dāng)引物無問題后,進(jìn)行反應(yīng)條件的探索,對退火溫度進(jìn)行溫度梯度檢測,找到合適的退火溫度,即PCR擴(kuò)增效果好,陰性模板無擴(kuò)增,條帶單一,熔解曲線單峰等。

2.預(yù)實(shí)驗(yàn)

設(shè)計(jì)好引物并探索好實(shí)驗(yàn)條件后,對樣本進(jìn)行一次預(yù)實(shí)驗(yàn),預(yù)實(shí)驗(yàn)將樣本進(jìn)行梯度稀釋用以制作標(biāo)準(zhǔn)曲線,分析內(nèi)參基因以及目的基因的擴(kuò)增效率是否接近且在100%左右,其次可確認(rèn)高濃度模板中是否有yizhi劑干擾,從而確定實(shí)驗(yàn)時(shí)合適的模板濃度(樣本是否需要稀釋或濃縮)。

3.正式實(shí)驗(yàn)

當(dāng)我們完成了實(shí)驗(yàn)條件和預(yù)實(shí)驗(yàn)后就可以進(jìn)行正式實(shí)驗(yàn)了,每個(gè)樣品都需要3個(gè)或以上的重復(fù),保證結(jié)果的準(zhǔn)確性。


Azure Cielo?實(shí)時(shí)熒光定量PCR

來自美國Azure Biosystems公司的Azure Cielo?實(shí)時(shí)熒光定量PCR系統(tǒng),為您提供Azure Cielo-3通道和Azure Cielo-6通道兩種機(jī)型,可根據(jù)實(shí)驗(yàn)需求靈活配置。

除此之外,Azure Cielo?實(shí)時(shí)熒光定量PCR系統(tǒng)融合了高品質(zhì)Peltier溫度模塊和基于光纖傳輸?shù)墓鈱W(xué)檢測系統(tǒng),可為您的科學(xué)研究就提供高jingzhun、高靈敏可靠結(jié)果。



?   數(shù)據(jù)可靠性

連續(xù)1000次實(shí)驗(yàn)后,結(jié)果高度一致,溫控JZ,性能穩(wěn)定可靠。

?  應(yīng)用靈活性

提供多種qPCR應(yīng)用分析,定制化報(bào)告。

?   流程智能化

中英文用戶界面,觸控操作,可多機(jī)聯(lián)用。

?   交互靈活性

主機(jī)可獨(dú)立運(yùn)行qPCR程序,電腦、Wi-Fi、網(wǎng)絡(luò)交互。


2020-10-26 14:08:54 697 0
多重PCR技術(shù)要點(diǎn)解析

多重PCR概述

多重PCR(multiplex PCR),又稱多重引物PCR或復(fù)合PCR,它是在同一PCR反應(yīng)體系里加上二對以上引物,同時(shí)擴(kuò)增出多個(gè)核酸片段的PCR反應(yīng),其基本原理與常規(guī)PCR相同,區(qū)別在于多重PCR反應(yīng)體系加入一對以上引物,各對引物分別結(jié)合在模板相對應(yīng)部位,最終擴(kuò)增出一條以上目的DNA片段。

多重PCR的特點(diǎn)

?高效性:在同一PCR反應(yīng)管內(nèi)同時(shí)檢出多種基因,或?qū)τ卸鄠€(gè)型別的目的基因進(jìn)行分型,特別是微量樣本的多基因檢測。

?系統(tǒng)性:多重PCR適宜于成組病原體的檢測,如肝炎病毒,腸道致病性細(xì)菌,性病,無芽胞厭氧菌,戰(zhàn)傷感染細(xì)菌及細(xì)菌戰(zhàn)劑的同時(shí)偵檢。

?經(jīng)濟(jì)簡便性:多種病原體在同一反應(yīng)管內(nèi)同時(shí)檢出,將大大的節(jié)省時(shí)間,節(jié)省試劑,節(jié)約經(jīng)費(fèi)開支。

多重PCR應(yīng)用

?基因診斷、腫瘤診斷、病原微生物的檢測。

?基因分型、連鎖分析。

?植物分子育種、基因表達(dá)檢測、病蟲害檢測。

?病原菌污染檢測。

?區(qū)域捕獲測序。

多重PCR之難

多重PCR并不是單純的將多對特異性引物混合成一個(gè)體系。多重PCR之所以難,在于多個(gè)靶點(diǎn)之間擴(kuò)增條件不兼容,每個(gè)靶點(diǎn)都需要旁邊其他的引物配合。

就像是三人兩足游戲一樣,每個(gè)靶點(diǎn)成功擴(kuò)增都是需要綁在一起的兩個(gè)人(一對引物)默契配合。而多重PCR就需要所有的選手同時(shí)起跑又同時(shí)到達(dá),并且所有的選手都達(dá)到發(fā)揮。

多重PCR優(yōu)化

為了達(dá)到更好的擴(kuò)增效果,一般可以通過以下幾個(gè)方面進(jìn)行優(yōu)化。

◆引物的優(yōu)化:

◆反應(yīng)體系:

◆反應(yīng)條件:

◆常見問題解決辦法:

多重PCR要求在同一反應(yīng)體系內(nèi)對多個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行特異性擴(kuò)增。因而引物間的配對與競爭性擴(kuò)增均會(huì)影響擴(kuò)增效果。如果能選擇合適的反應(yīng)體系、反應(yīng)條件以及更合適的PCR儀,則有望提高多重PCR的擴(kuò)增效果。所以在進(jìn)行多重PCR的時(shí)候,不應(yīng)墨守成規(guī),要根據(jù)自身實(shí)驗(yàn)情況對實(shí)驗(yàn)條件進(jìn)行不斷優(yōu)化,達(dá)到擴(kuò)增效果。


2022-10-20 11:24:40 163 0
naica? PCR MIX與naica?數(shù)字PCR檢測更配

法國Stilla Technologies公司開發(fā)的—款多重PCR專用預(yù)混液:naica?multiplex PCR MIX(見表1),專用于naica?六通道微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)的多重檢測。并對naica?multiplex PCR MIX的多重檢測性能進(jìn)行了詳細(xì)評(píng)估。當(dāng)面對有限的樣本量時(shí),可保證多重?cái)?shù)字PCR檢測的靈敏度和準(zhǔn)確性;在復(fù)雜背景基因存在的情況下,依然能精確檢出低豐度的目的基因。

★ naica?multiplex PCR MIX在naica?六通道微滴芯片數(shù)字PCR上進(jìn)行6個(gè)靶標(biāo)的同步準(zhǔn)確定量

采用0.2~13000cp/ul的DNA樣品,使用10X naica?multiplex PCR MIX在naica?六通道微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)上進(jìn)行6個(gè)靶標(biāo)的線性范圍分析,結(jié)果顯示6個(gè)靶標(biāo)的R2均>0.99,說明在naica?六通道微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)上,能夠可靠地實(shí)現(xiàn)6靶標(biāo)同步準(zhǔn)確定量(圖1)。與2X和5X濃度的數(shù)字PCR預(yù)混液(dPCR Mixes)相比,10X濃度的數(shù)字PCR預(yù)混液體積加入量降低了50%至80%,最大限度地提高樣品加入量。尤其是在檢測低濃度樣品或稀有靶標(biāo)時(shí),樣品加入量的增加可提高檢測靈敏度。

▲ 圖1:使用naica?multiplex PCR MIX在naica?六通道微滴芯片數(shù)字PCR上進(jìn)行6個(gè)靶標(biāo)的線性分析,分別在藍(lán)色、青色、綠色、黃色、紅色和紅外線6個(gè)通道進(jìn)行檢測。每個(gè)稀釋點(diǎn)的DNA濃度分別為:0.2、1.5、8.0、50、320、2050和13000 cp/ul,每個(gè)稀釋度進(jìn)行3次重復(fù)。結(jié)果顯示6個(gè)靶標(biāo)的R2均大于0.99,說明所有靶標(biāo)的結(jié)果都高度真實(shí)可靠。

★ 在復(fù)雜的背景基因下,對低豐度目的基因進(jìn)行精確定量

數(shù)字PCR的—個(gè)重要技術(shù)優(yōu)勢是能夠在存在多個(gè)靶標(biāo)擴(kuò)增的情況下檢測到低濃度靶標(biāo)。為了評(píng)估naica?multiplex PCR MIX的穩(wěn)定性。使用同一個(gè)目標(biāo)DNA模板的不同濃度系列稀釋液(0.2~ 13000 cp/uL)進(jìn)行檢測,同時(shí)其中摻入5種外部靶標(biāo)模板(每個(gè)靶標(biāo)的濃度為3000 cp/ul)。在不同測試條件下,結(jié)果均呈現(xiàn)良好的線性關(guān)系(圖2A和2C)。這些結(jié)果與同一DNA 靶點(diǎn)在不同濃度下單獨(dú)檢測以及在不添加外部靶標(biāo)的情況下獲得的結(jié)果具有可比性(圖2B和2D)。

▲ 圖2:使用naica?multiplex PCR MIX的擴(kuò)增結(jié)果真實(shí)可靠。將pUC18質(zhì)粒(圖A和B)和pUC57質(zhì)粒(圖C和D)的13000至0.2 cp/ul的系列稀釋液在5個(gè)外部擴(kuò)增靶標(biāo)背景下(每個(gè)靶標(biāo)為3000 cp/ul(A,C))和在不含外部靶標(biāo)(B,D)的情況下進(jìn)行定量檢測,3次重復(fù)。線性擬合系數(shù) R2>0.99,表明在不考慮多重背景的情況下,對所有靶標(biāo)的測定結(jié)果都是真實(shí)可靠的。5個(gè)外部靶標(biāo)的相對標(biāo)準(zhǔn)偏差保持在2.3%至3.1% (n=21),顯示出極好的重復(fù)性。

★ naica?multiplex PCR MIX應(yīng)用亮點(diǎn)

?  實(shí)現(xiàn)數(shù)字PCR方法多重檢測的高度穩(wěn)定性和高檢測靈敏度;

?  可在naica?六通道微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)的動(dòng)態(tài)范圍內(nèi)同時(shí)定量檢測6個(gè)獨(dú)立的DNA靶標(biāo),均具有良好線性關(guān)系;

?  5X和10X的數(shù)字PCR預(yù)混液,提高了naica?六通道微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)高階多重檢測能力;

?  10X PCR MIX比5X PCR MIX降低50%的體積用量,從而增加DNA的加入量。在檢測低濃度樣品或稀有靶標(biāo)時(shí),樣本加入量的增加可提高檢測靈敏度。

表1 naica?multiplex PCR MIX貨號(hào)及規(guī)格

naica?六通道微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)

法國Stilla Technologies公司naica?六通道微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng),源于Crystal微滴芯片式數(shù)字PCR技術(shù),自動(dòng)化微滴生成和擴(kuò)增,每個(gè)樣本孔可實(shí)現(xiàn)6熒光通道的檢測,智能化識(shí)別微滴并進(jìn)行質(zhì)控,3小時(shí)內(nèi)即可獲得至少6個(gè)靶標(biāo)基因的拷貝數(shù)濃度。


2021-09-30 10:19:15 217 0
直播邀請| FluidFM:CRISPR基因編輯技術(shù)的新突破


[主題]

    FluidFM:CRISPR基因編輯技術(shù)的新突破


[直播時(shí)間]

    2020年3月26日,16:00 - 17:00


[報(bào)告簡介]

    提高轉(zhuǎn)染物質(zhì)導(dǎo)入細(xì)胞核的效率目前仍然是基因編輯中的一大挑戰(zhàn)。FluidFM 技術(shù)能夠?qū)⑥D(zhuǎn)染物質(zhì)直接注射到細(xì)胞核中,從根本上解決這一難題。這一技術(shù)對于極難轉(zhuǎn)染或原代的細(xì)胞系的基因編輯有著十分重要的意義。

    本次研討會(huì)是關(guān)于“提高CRISPR基因編輯效率的全新方法”的網(wǎng)絡(luò)研討會(huì)。向您展示如何通過直接向細(xì)胞核中導(dǎo)入轉(zhuǎn)染物質(zhì),從而解決細(xì)胞轉(zhuǎn)染效率低下的問題。


特別提示:本次研討會(huì)還包括在線的實(shí)驗(yàn)演示!


[產(chǎn)品簡介]

    瑞士Cytosurge公司多功能單細(xì)胞顯微操作系統(tǒng)—FluidFM BOT,是將原子力系統(tǒng)、微流控系統(tǒng)、細(xì)胞培養(yǎng)系統(tǒng)為一體的單細(xì)胞操作系統(tǒng)。主要功能包括單細(xì)胞注射、單細(xì)胞提取以及單細(xì)胞分離。

    FluidFM BOT打開了傳統(tǒng)單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)手段無法觸及領(lǐng)域的大門。突破了單細(xì)胞研究、藥物開發(fā)、細(xì)胞系開發(fā)中的障礙,讓細(xì)胞膜不再成為阻礙單細(xì)胞研究的壁壘。

    多功能單細(xì)胞顯微操作系統(tǒng)FluidFM BOT濃縮了FluidFM科技的全部精華,尤其是在自動(dòng)化程度和操作速度上的提高。它不僅保留了產(chǎn)品在生物學(xué)上的能力。更能夠?qū)⑦@些功能進(jìn)行組合來創(chuàng)造更加GX、便捷全新試驗(yàn)方法。


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廣州市天河區(qū)珠江新城華強(qiáng)路2號(hào)富力盈豐大廈1216室 510623

[主辦方]




2020-03-23 16:14:29 160 0
(高考)+目的基因的獲取方法?PCR技術(shù)用于何處?
 
2018-05-10 09:11:33 428 1
深藍(lán)云網(wǎng)絡(luò)直播講座預(yù)告 | 遇見ECHO REVOLVE——玩“轉(zhuǎn)”顯微鏡

您是否有過長時(shí)間觀察顯微鏡而眼睛酸澀?您是否有過為觀察玻片和培養(yǎng)皿而在兩臺(tái)顯微鏡之間奔波?您是否有過為觀察傳統(tǒng)顯微鏡繁冗操作而愁苦?

不必說明場全視野觀察,高清晰顯示,極簡化操作;也不必說熒光模塊自動(dòng)轉(zhuǎn)換,多通道熒光疊加,圖像輔助編輯;單是正倒置一體式觀察,就備受科研工作者的青睞。

尊重傳統(tǒng),勇于創(chuàng)新,來自ECHO公司的顯微鏡REVOLVE采用IPAD替代傳統(tǒng)目鏡,釋放您的雙眼;明場/熒光雙相機(jī)雙光源,提高觀察效果;APP軟件控制,簡化顯微操作;給您帶來不一樣的觀察體驗(yàn)!

大家知道顯微觀察中,正置顯微鏡更適合于玻片觀察、油鏡觀察;倒置顯微鏡則更適合于培養(yǎng)皿/培養(yǎng)瓶觀察、孔板觀察,不僅如此,往往還需要明場與熒光觀察。因此,一臺(tái)顯微鏡滿足以上所有需要,就顯得彌足珍貴。

直播課



2020-04-13 17:12:41 215 0
深藍(lán)云生物數(shù)字PCR打卡送書活動(dòng)開啟啦!

第三代PCR技術(shù)即數(shù)字PCR(digtal PCR)技術(shù),可以實(shí)現(xiàn)對起始樣品核酸的定量。在反應(yīng)體系中加入熒光染料的同時(shí)將反應(yīng)體系進(jìn)行分區(qū),實(shí)現(xiàn)單分子模板擴(kuò)增,Z后通過陽性反應(yīng)器數(shù)直接讀出目標(biāo)序列的拷貝數(shù),可以對低拷貝基因進(jìn)行檢測,彌補(bǔ)了熒光PCR的不足。因其出色的靈敏度和精確度,數(shù)字PCR在檢測微量核酸樣本,稀有突變,拷貝數(shù)變異,復(fù)雜樣品檢測等方面均有廣泛的應(yīng)用前景。


如果您想了解更多有關(guān)數(shù)字PCR的知識(shí),快來參加深藍(lán)云數(shù)字PCR知識(shí)打卡吧! 每一關(guān)都有您關(guān)注的ZD,學(xué)到知識(shí)的同時(shí)還有精美小禮品贈(zèng)送哦。


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數(shù)字PCR課堂


為了方便大家更好的學(xué)習(xí)數(shù)字PCR技術(shù),由法國Stilla Technologies公司開發(fā)的Gene-π數(shù)字PCR學(xué)堂為您全方位解讀數(shù)字PCR技術(shù),可以實(shí)現(xiàn)從新手到專家的進(jìn)階,適用于所有對數(shù)字PCR技術(shù)感興趣的科學(xué)家。該平臺(tái)為用戶提供Z新的數(shù)字PCR技術(shù)信息,使用戶能夠?qū)W習(xí)數(shù)字PCR技術(shù)的基本知識(shí)。詳細(xì)信息可登陸網(wǎng)站或掃描二維碼查看。


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2020-04-13 17:11:09 335 0

5月突出貢獻(xiàn)榜

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