顯微光譜分析系統在實驗室發現和定量微小物質方面是非常有用的。例如生物學家可以分析單個細胞的成分，醫生用來診斷癌癥. 用顯微分光光度計在觀察樣品的同時可以很容易得到2um大小樣品的直接的光譜。