Illumina基因測序儀 NextSeq 500,遺傳分析儀的測序原理和Genome Analyzer相同，采用穩定的可逆終止法邊合成邊測序技術。該技術使用4種含有末端阻斷基團和不同熒光信號的堿基進行模板互補鏈的合成，不僅確保了測序的高準確性和高順序性，而且排除了由重復序列和同聚物導致的測序錯誤。

在光學系統和制造工藝方面，HiSeq 2000在Genome Analyzer的基礎上進行了全面改進和提升。光學系統采用2個激光源對Flowcell進行掃描，并使用4臺照相機對4種堿基分別進行記錄，大幅度減少了不同堿基之間的信號干擾，提高了測序系統的準確度。同時，HiSeq 2000使用了新穎的雙表面成像技術，增加了Flowcell的有效面積，從而提高測序產量和降低成本。

Illumina基因測序儀 NextSeq 500,遺傳分析儀測序原理：

Hiseq 2000技術是基于DNA單分子簇的邊合成邊測序技術，和專有的可逆終止化學反應原理。測序時將基因組DNA的隨機片段附著到光學透明的玻璃表面(即Flow cell)，這些DNA的片段經過延伸和橋式擴增后，在Flow cell上形成了數以億計Cluster，每個Cluster是具有數千份相同模板DNA的單分子簇。然后利用帶熒光基團的四種特殊脫氧核糖核苷酸，通過可逆性終止的SBS(邊合成邊測序)技術對待測的模板DNA進行測序。這種新方法確保了高準確度和真實的一個堿基接一個堿基的測序，為同聚物和重復序列的測序提供了一個很好的解決方案。